组织结构

党政管理部门

1党委办公室(统战部)
2党委组织部(老干部办公室)
3党委宣传部(党校)
4纪委(监察处、审计处
5工会妇委会
6团委(艺术教研室)
7校长办公室(质量管理办公室、信访办公室、档案馆、校友联络处)
8国际交流处(港澳台办公室、国际交流学院)
9教务处
10研究生院
11科技处(科技研究发展部)
12人事处(退休办公室、人才交流中心)
13学生处(武装部、军事教研室)
14财务处
15资产管理处(后勤管理办公室、能源管理办公室、基建管理办公室)
16保卫处(安全办公室)
17发展规划处(高等教育研究所)
18信息化办公室
19实验室管理处基础实验实训中心
20民生路校区管理委员会
21国际教育学院

直属业务部门

1图书馆
2杂志总社(浦江教育出版社)

教学部门

1商船学院
2交通运输学院
3经济管理学院(亚洲邮轮学院)
4物流工程学院(中荷机电工程学院)
5信息工程学院
6外国语学院
7文理学院
8海洋科学与工程学院
9法学院
10徐悲鸿艺术学院
11继续教育学院
12海华高等技术学院
14高等技术学院
15港湾学校
16国际航运学院

科研部门

1物流科学与工程研究院(航运技术与控制工程交通行业重点实验室、物流研究中心、 电气自动化研究所、水运经济研究所、海洋文化研究所、海运情报网)
2海洋材料科学与工程研究院

其他部门

1后勤中心(校医院)
2基建服务中心
3上海海大资产经营有限公司(上海海运工贸公司、上海育海航运公司、中国海洋工程公司浦东代表处、上海海笪文化传播有限公司、上海育海船务代理有限责任公司、上海海阳气象导航有限公司、上海邦达电子系统工程有限公司、上海海港设备监理咨询有限公司、上海海星印刷公司、上海联勤工贸实业公司、上海海园房地产开发有限公司、上海海园房地产经纪有限公司、上海航元海运技术开发公司、上海为国港口设备有限公司、上海海鹏宾馆、上海航蕴运输咨询有限公司)