商船学院现有航海系、轮机系航海科学研究所、及中法联合伽利略系统与海上安全智能交通研究所，现设有载运工具运用工程、交通信息工程及控制、轮机工程3个博士点；

载运工具运用工程、轮机工程、交通信息工程及控制、制冷与低温工程等4个硕士点；

船舶与海洋工程、交通运输工程2个工程硕士点；

航海技术、轮机工程、热能与动力工程等3个本科专业。

其中“载运工具运用工程”为上海市重点学科；“轮机工程”为上海海事大学重点学科。1个一级学科博士学位授权点（交通运输工程）。