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党群部门

行政部门

教学部门

科研部门
- 物流科学与工程研究院（航运技术与控制工程交通行业重点实验室、物流研究中心、电气自动化研究所、水运经济研究所、海洋文化研究所、海运情报网）

业务技术支持部门
- 基础实验实训中心
- 图书馆（档案馆）

后勤、产业保障部门
- 上海海大资产经营有限公司
- 后勤中心