党政管理部门
| 1 | 党委办公室（统战部） |
| 2 | 纪委（监察专员办公室）综合办公室 |
| 3 | 党委组织部（老干部办公室） |
| 4 | 党委宣传部（党校） |
| 5 | 工会（妇委会） |
| 6 | 团委（艺术教研室） |
| 7 | 校长办公室（信访办公室、法务办公室、校友联络处） |
| 8 | 国际交流处（港澳台办公室、国际交流学院） |
| 9 | 教务处 |
| 10 | 研究生院 |
| 11 | 科技处（科技研究发展部） |
| 12 | 人事处（退休办公室、人才交流中心、教师发展中心） |
| 13 | 学生处（武装部、军事教研室） |
| 14 | 财务处 |
| 15 | 资产与实验室管理处 |
| 16 | 保卫处（安全办公室） |
| 17 | 审计处 |
| 18 | 发展规划与质量管理处 |
| 19 | 信息化办公室 |
| 20 | 基础实验实训中心 |
| 21 | 高恒大厦管理委员会 |
| 22 | 国际教育学院 |
直属业务部门
| 1 | 图书馆（档案馆） |
教学部门
| 1 | 商船学院 |
| 2 | 交通运输学院 |
| 3 | 经济管理学院（亚洲邮轮学院） |
| 4 | 物流工程学院（中荷机电工程学院） |
| 5 | 信息工程学院 |
| 6 | 外国语学院 |
| 7 | 文理学院 |
| 8 | 海洋科学与工程学院 |
| 9 | 法学院 |
| 10 | 徐悲鸿艺术学院 |
| 11 | 继续教育学院 |
| 12 | 海华高等技术学院 |
| 14 | 高等技术学院 |
| 15 | 港湾学校 |
| 16 | 国际航运学院 |
科研部门
| 1 | 物流科学与工程研究院（航运技术与控制工程交通行业重点实验室、物流研究中心、 电气自动化研究所、水运经济研究所、海洋文化研究所、海运情报网） |
| 2 | 海洋材料科学与工程研究院 |
其他部门
| 1 | 后勤中心（校医院） |
| 2 | 基建处 |
| 3 | 上海海大资产经营有限公司（上海育海航运公司、上海浦江教育出版社有限公司、上海联勤工贸实业公司、杂志总社、上海浦江教育出版社有限公司） |
